Для водного режима рек Северного Алтая (низкогорная зона) характерно высокое, иногда сильно расчлененное весеннее половодье и паводки в теплое время года. Начало половодья приходится на первую декаду апреля, наибольшей высоты оно достигает в конце апреля - середине мая, заканчивается в середине-конце июня. Уровни поднимаются на 3-5 м. Продолжительность половодья на средних реках составляет 3-3,5 месяца, на малых 2-2,5. За этот период проходит до 70% объема годового стока. Летне-осенняя межень (июнь-октябрь) почти ежегодно нарушается прохождением дождевых паводков, когда уровень воды поднимается на 1-3 м. Наибольшая повторяемость паводков на реках Северо-Западного Алтая приходится на начало лета и осень, на реках Северо-Восточного Алтая - на летние месяцы. Продолжительность летне-осенней межени 100-120 дней. Зимняя межень почти повсеместно устанавливается в ноябре и длится 140-160 дней. Минимальные расходы наблюдаются чаще всего в феврале-марте. Устойчивая зимняя межень продолжается с ноября по март. В декабре-январе большинство рек промерзают на перекатах. Подъемы уровня воды в плесах в течение зимы связаны с притоком грунтовых вод и промерзанием нижележащих перекатов.
