Гидрологический режим рек края многообразен, его определяют факторы климатические и подстилающей поверхности: рельеф, геологическое строение, почво-грунты, растительность, озерность и заболоченность бассейна. Существенное (зачастую негативное) влияние на жизнь рек оказывает хозяйственная деятельность человека. Главной фазой водного режима является половодье, наблюдающееся на равнинных реках весной, на горных - в весенне-летнее время. На этот период приходится большая часть годового стока, а для малых рек Кулундинской низменности и весь сток. По характеру водного режима река Алтая подразделяются на: реки с весенне-летним половодьем; реки с весенним половодьем и паводками в теплое время года; реки с весеннем половодьем. В сентябре-октябре на реках устанавливается короткая летнее-осенняя межень с относительно невысокими дождевыми паводками. Продолжительность ее около 30-50 дней. Зимняя межень продолжается с ноября по март (140-150дней). Минимальный сток в феврале-марте.
