Использование поверхностных и подземных вод края наиболее интенсивно в равнинной части. В настоящее время основная масса воды потребляется для нужд сельского хозяйства водоснабжения городов, сел, предприятий путем забора воды из реки Оби, Бии, Алея, песчаной, а также подземных вод из многочисленных шахтных и трубчатых колодцев. Значительное количество воды используется на орошение. Для этого построены Алейская оросительная система, Кулундинский магистральный канал, ведется строительство Бурлинской ОС. Реки горной части края обладают значительными энергетическими ресурсами – 85 млрд кВТ*ч, однако технически возможно освоить примерно 42 млрд кВт*ч.
